En 1984, Carlos Amábile empezó a explorar el efecto del ácido ascórbico sobre los plásmidos de resistencia a la penicilina del estafilococo dorado. Hallamos que la vitamina C, a concentraciones difícilmente alcanzables en el plasma humano tras una fuerte ingesta, puede eliminar algunos de estos plásmidos, o al menos inhibir su expresión, haciendo a las bacterias portadores un poco más sensibles a los antibióticos; en este trabajo contribuyeron Ma. Elena Wah y Rosa Ma. Piña. Dos artículos, un capítulo en un libro, dos comunicaciones en congresos nacionales y una en congreso internacional recogen los resultados de esta línea de investigación. De ella se deriva otra línea sobre eliminación de plásmidos, en activo. Algunas sustancias que comparten el perfil de genotoxicidad del ascorbato fueron seleccionadas de una base de datos. Al probar la primera de ellas, la acroleina, sobre cepas resistentes de estafilococo, resultó tener efectos similares a los de la vitamina C. El trabajo inicial fué realizado por Fabrizio Delissalde.

De 1990 a 1995, junto con Marina Chicurel, entonces en la Universidad de Harvard, desarrollamos un modelo teórico de la importancia de los plásmidos bacterianos en la evolución y en la dispersión de genes, entre ellos los de la resistencia a antibióticos. Varias de las predicciones de este modelo han sido demostradas por otros grupos. Este proyecto resultó en una revisión (en Cell, la revista de más impacto en el área biomédica), un artículo de investigación en una revista internacional, y un artículo de divulgación en American Scientist.

En 1995 iniciamos un proyecto de colaboración con Anne Summers (U. Georgia) sobre la asociación de la resistencia a mercurio y a antibióticos en bacterias uropatógenas de pacientes ambulatorios. El proyecto, parcialmente financiado por la International Academy of Oral Medicine and Toxicology, resultó en una comunicación a un congreso nacional (Pilar Rendón, Irene Fernández y Carlos Amábile, coautores), y un capítulo en un libro. La investigación sobre resistencia al mercurio sigue siendo componente de nuestras líneas de investigación básica en activo.

Empezando en 1997 con la publicación de una mini-revisión para Antimicrobial Agents and Chemotherapy, y luego de que el NIH financiara un proyecto para una red de monitoreo de resistencia en bacterias comensales, del grupo ROAR-APUA (Reservoirs of Antibiotic Resistance, de la Alliance for the Prudent Use of Antibiotics), inciamos una colaboración con Abigail Salyers, de la Universidad de Illinois. Exploramos la resistencia a antibióticos en estreptococos orales comensales de Mexicanos y Cubanos que no hubieran recibido antibióticos. El manuscrito que recoge los resultados de este proyecto se publicó en FEMS Microbiology Letters. Javier Díaz, Alejandro Carbajal y Carlos Amábile son los coautores.

En 1999 presentamos, en el Congreso de la Sociedad Europea de Biología Evolutiva, los resultados del análisis de las secuencias de aminoácidos de una enzima bifuncional que confiere resistencia a diferentes aminoglucósidos. Esta enzima parece haber sido "ensamblada" en estafilococos, y estar siendo dispersada en plásmidos de enterococos. Javier Díaz y Alejandro Carbajal realizaron el análisis, que incluye el desarrollo de un nuevo algoritmo para intentar determinar el origen de genes que se movilizan horizontalmente.

Empezando el 2000, Fabrizio Delissalde desarrolló un proyecto que exploró la relación entre la habilidad para formar biofilms, y la presencia de determinantes "canónicos" de resistencia, en cepas hospitalarias de Pseudomonas aeruginosa. Es bien conocido que los organismos en biofilms son más resistentes a los antibióticos que los de vida libre, aunque el mecanismo preciso no es conocido. Pero poco se sabe de la relación de los biofilms con la presencia de genes de resistencia. Los resultados iniciales se publicaron en el International Journal of Antimicrobial Agents el año 2004.

En asociación con Irma Rosas y Valeria Souza, de la UNAM, y con el trabajo de bioinformática de Javier Díaz, iniciamos un proyecto para conocer el origen y la estabilidad de los integrones en Escherichia coli. Los integrones son elementos genéticos que permiten la integración y expresión de otros elementos llamados cassettes, muchos de los cuales portan genes de resistencia a antibióticos. Los integrones son comunes en aislamientos clínicos, pero más bien raros en cepas ambientales. En 2008 publicamos los resultados de este trabajo que combina investigación de laboratorio e in silico, en Microbiology. Un trabajo previo con el equipo de Irma Rosas, sobre las características de las bacterias del polvo urbano de la Ciudad de México, se publicó en el International Journal of Hygiene and Environmental Health, y dio pie para un capítulo de la Encyclopedia of Environmenta Health, en preparación por Elsevier.

Trabajando junto con José Luis Arredondo, del INP, desarrollamos varios proyectos para conocer las verdaderas dimensiones del problema de la resistencia en México. Iniciamos con un monitoreo de aislamientos de las principales especies causales de infección respiratoria, y continuamos con uropatógenos. Entre estos últimos hallamos una alta prevalencia de resistencia a los antibióticos más usados en el tratamiento de infecciones urinarias, pero muy baja a la nitrofurantoína, un antimicrobiano con más de 50 años de uso clínico. También exploramos la sensibilidad de hongos a la anfotericina B y a algunos triazoles. Los resultados de estos proyectos han sido publicados en el Journal of Infection in Developing Countries.

Conjuntando los esfuerzos de Irma Rosas y su equipo, y de José Luis Arredondo, investigamos la prevalencia de la resistencia a fluoroquinolonas en aislamientos clínicos y ambientales de E. coli. Encontramos que los aislamientos urinarios –pero no los intestinales- tienen una alta prevalencia de resistencia, y ésta es de alto nivel; por su parte, la resistencia entre las cepas aisladas de Xochimilco es más baja, pero está además apenas por arriba de los “valores de corte” que se usan clínicamente. Esto sugiere que en los ambientes no clínicos existen presiones de selección que favorecen a cepas medianamente resistentes a fluoroquinolonas. Los datos se publicaron en el Journal of Applied Microbiology.

En paralelo, un importante trabajo de divulgación ha llevado a la publicación de dos artículos sobre resistencia en la revista American Scientist, así como a un total de 5 libros, publicados por Landes, Horizon y Springer.